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スキューバダイビングやシュノーケリングの愛好家からの情報提供により、日本沿岸海域の魚類を中心とする海の生物の地理的分布を調べ、
その分布を示した「海のいきもの地図」を作成することにより、沿岸域の環境把握及び保全に資する基礎資料を得る目的で実施された。
あわせて、一般のダイバー等に自然観察の具体的目標を提示し、海中での自然観察の普及が図られた。
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スキューバダイビングやシュノーケリング等、海中を観察する技術と機会を有する人たちにボランティア参加、協力を得て実施された。
調査は環境省で選定した43種類の調査対象種を「てびき」を参照して確認し、その情報を「５万分の１メッシュ地形図」で読み取った
調査ポイントのコード番号とともに「調査表」に記入する方式で行われた。
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134 グループ、 1,565人の参加が得られ、512メッシュ（基準地域メッシュ。約１km×１km）で調査が行われ、15,520件のデータが寄せられた。
北海道から沖縄まで、主要なダイビングポイントはカバーされた。
従来、魚類をはじめ本調査の対象種となった海の生物の分布は、全国各地の専門家の情報、漁業中の採取記録等を集積して把握されているが、
確認手段や確認時期にバラつきがあった。従って、本調査のように比較的限られた期間に、潜水によって生きた姿を確認するという統一した
方法で調査が実施され分布図が作成されたのははじめてのことである。
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■海のいきもの調査 調査対象種
トゲチョウチョウウオ
キツネメバル
チョウチョウウオ
ハマクマノミ
デバスズメダイ
ソラスズメダイ
キュウセン
リュウグウハゼ
エゾメバル
メバル
キタマクラ
イシサンゴ類
コンブ類
ツノダシ
アマモ類
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アラメ・カジメ類
ホンダワラ類
チカ
ゴンズイ
カゴカキダイ
タテジマキンチャクダイ
ウミタナゴ
ヤマブキベラ
オハグロベラ
ミノカサゴ
イトマキヒトデ
アカヒトデ
アオヒトデ
オニヒトデ
ヘラヤガラ
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キジハタ
フウライチョウチョウウオ
キンチャクダイ
クマノミ
タカノハダイ
ネジリンボウ
オオカミウオ
シマソイ
モンガラカワハギ
ハコフグ
ムラサキウニ類
イイジマフクロウニ
ガンガゼ
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