環境DNA調査
■目的
「種の保存法」改正により特定第二種国内希少野生動植物種制度が新設されるなど、二次的自然に生息する種も含めた保全が重要性となる中で、多くの絶滅危惧種等が分布する里地里山・湿地といった生息地の保全・再生を効率的かつ効果的に進めていく必要があります。里地里山・湿地に生息する種の保全を図るためには、生息地等の維持・管理が重要ですが、効率的・効果的に生息地の保全を進めていくためには、各種の分布情報を拡充するとともに、絶滅危惧種を含めた複数の種の分布情報を網羅的に収集し、それらが集中的に分布する地域を明らかにしていくことも必要です。
一方で、調査継続にあたり、今後予想される人材不足や実施体制の変化にどう対処していくかという課題認識の下、既存調査手法に加えて新技術も活用した調査手法を取り入れていく必要があります。当センターではその一環として、生物を直接捕獲せず、水などの環境中に含まれる遺伝子情報（環境DNA）を用いて生物の生息情報を取得する「環境 DNA 分析技術を用いた調査手法」について、標準化を進めています。
具体的には、種の分布情報の取得にあたり絶滅危惧種をはじめとした種の全国的な分布情報の把握や希少種の保全、外来種対策などの生物多様性保全施策への活用、環境アセスメントにおける生物調査の迅速化及び効率化を目的に、調査手法が捕獲などに限られていた淡水魚類や両生類について、環境DNA分析技術の標準化（手引きの作成やリファレンスの整備）や一般への普及、データの効果的・効率的な共有を進めています。
■更新履歴
2024.5 「環境DNA分析技術を用いた調査手法の手引き（淡水魚類・両生類）」第1版と
「MiFish法に係る誤同定チェックシート」改訂版を公開しました。
2023.6 「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」第3版と
「MiFish法に係る誤同定チェックシート」改訂版を公開しました。
2022.6 「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」改訂第2版と
「MiFish法に係る誤同定チェックシート」を公開しました。
2021.7 「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」第2版を公開しました。
2020.6 「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き」第1版を公開しました。
■データダウンロード
| 区分 | データ | |
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| 環境DNA分析技術を用いた調査手法の手引き ●環境DNA調査の導入を検討されている地方行政団体や保全団体の方々にご活用いただける内容となっています。 ・手引きの改訂履歴（PDF）
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淡水魚類・両生類の手引き |
●二次的自然環境に生息する淡水魚類及び両生類を対象とした環境DNA調査について、理解を深めていただくための手引きです。 ■環境DNA分析技術を用いた調査手法の手引き（淡水魚類・両生類） ・第１版（2024年5月）（PDF） ※本手引きは「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き 第３版」の「３．調査計画」に「３－３－２.両生類編」を加え、その他の箇所に両生類についての内容を追記、一部用語の統一化、一部構成の微修正をしたものであり、淡水魚類に関する内容は「環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き 第3版」と同様のものになります。 |
| 淡水魚類の手引き | ●二次的自然環境に生息する淡水魚類を対象とした環境DNA調査について、理解を深めていただくための手引きです。 ■環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き ・第３版（2023年6月）（PDF） ・改訂第２版（2022年6月）（PDF） ・第２版（2021年6月）（PDF） ・第２版の改訂のポイント（PDF） ・第１版（2020年6月）（PDF） |
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| MiFish法※に係る誤同定チェックシート ※MiFish法とは、水に含まれる多種の魚類を網羅的に検出できる分析方法です。 手引きでも、その使い方を事例として紹介しています。 |
●「MiFish法に係る誤同定チェックシート」は、MiFish法の分析結果の精査をサポートするツールです。 ■2024年3月更新版 ・MiFishに係る誤同定チェックシート ver1.2 （Excel） ・資料１ MiFish法に係る誤同定チェックシートの 使い方に関する解説書 （PDF） ・資料２ MiFish法における種の識別性を確認する ための分子系統樹 （PDF） ・参考資料１ MiFish法における種の識別性に関する 判定基準 （PDF） ・参考資料２ MiFish法における種・種内系統の 識別性の判定結果一覧 （Excel） ・参考資料３ リファレンス（MiFish配列）登録状況 及び種特異的プライマー整備状況一覧 （Excel） ■過去の資料一式 ver.1.1（2023年3月版）はこちら（ZIP形式） ver.1.0（2022年3月版）はこちら（ZIP形式） |
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（出典）上記コンテンツの使用により作成された著作物等を公表する場合には出典を明示してください。以下は記載例になります。
・環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き第3版（環境省生物多様性センター)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_tebiki3.pdf)
・A survey manual for conducting eDNA analysis on freshwater fish (3rd edition)
(Japanese)(Biodiversity Center of JAPAN)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_tebiki3.pdf)
・環境DNA分析技術を用いた調査手法の手引き（淡水魚類・両生類）第1版（環境省生物多様性センター)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_amphi_tebiki1.pdf)
・A survey manual for conducting eDNA analysis on freshwater fish and amphibians
(1st edition) (Japanese)(Biodiversity Center of JAPAN)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_amphi_tebiki1.pdf)
・MiFishに係る誤同定チェックシートver.1.2（環境省生物多様性センター)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_checksheet_ver1.2.xlsx)
・Misidentification checksheet for MiFish metabarcoding ver.1.2
(Japanese)(Biodiversity Center of JAPAN)
(https://www.biodic.go.jp/edna/reports/mifish_checksheet_ver1.2.xlsx)
(本ページの見方とPDF形式)
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【淡水魚類】
絶滅危惧種分布重要地域抽出のための環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の標準化・一般化に関する検討会
検討委員（敬称略・五十音順）
鬼倉 徳雄 九州大学大学院 農学研究院資源生物科学部門 教授
金尾 滋史 滋賀県立琵琶湖博物館 主任学芸員
近藤 倫生 東北大学大学院 生命科学研究科 教授（座長）
土居 秀幸 京都大学大学院 情報学研究科 教授
源 利文 神戸大学大学院 人間発達環境学研究科 教授
宮 正樹 千葉県立中央博物館 資料管理研究科 主任上席研究員
渡辺 勝敏 京都大学大学院 理学研究科 准教授
事務局
一般財団法人 九州環境管理協会、株式会社 地域環境計画（平成31年度）
いであ株式会社（平成30年度、令和元年度、令和２年度、令和３年度、令和４年度）
【両生類】
環境DNA分析技術を用いた両生類調査手法の標準化・一般化に関する検討会
検討委員（敬称略・五十音順）
倉林 敦 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部 准教授
島田 知彦 愛知教育大学 教育学部 准教授
高原 輝彦 島根大学 生物資源科学部 准教授
土居 秀幸 京都大学大学院 情報学研究科 教授
西川 完途 京都大学大学院 人間・環境学研究科 教授
源 利文 神戸大学大学院 人間発達環境学研究科 教授（座長）
事務局
一般財団法人 自然環境研究センター（令和４年度、令和５年度）
