湖沼や湿原は様々な個性的な環境を形成し、多くの生物種・群集が生活する場としてきわめて多様性が高くなっています。湿原は、植物群落の種類組成や泥炭の構成植物等から、低層湿原、中間湿原、高層湿原に区分され、低層湿原は北海道から沖縄まで広い範囲に分布し、中間湿原及び高層湿原は、屋久島を南限としてわが国の冷温帯に分布しています。特に高層湿原は氷河期の遺存種等の生息・生育環境として重要な場となっています。

　湖沼・湿原の生態系は、周辺域の開発・利用、それらによる水質汚染、河川・湖岸改修や工作物の設置等に伴い大きな影響を受けてきました。湖沼・湿原は、人為的影響を受けやすい脆弱な生態系であることから、直接的な改変や水質汚染等の圧迫を強く受け、移入種の侵入や乾燥化の進行によって劣化しつつあるものも多くなっています。

　モニタリングサイト1000では、全国10ヶ所の湖沼で底生動物調査、水生植物調査、淡水魚類調査などを実施し、全国７ヶ所の湿原で植生調査などを実施しているほか、全国80ヶ所の地点でガンカモ類の個体数カウント調査を実施しています。

　湖沼の底生動物調査では、十分な水深があり、表層と下層の水が季節的に入れ替わる｢鉛直循環｣をする湖で、湖盆中央部の湖底から底泥を採取し、泥中の底生動物を調べています。
　湖沼に生息する底生動物の多くは浮遊生活期がなく、一生を限られた場所で過ごすため、生息環境の変化にきわめて敏感です。また、湖の最深部は、湖沼の栄養状態や地球温暖化による影響を強く受ける場所です。そのため、湖底の泥の状態や底生動物相をモニタリングすることで、これらの環境変動が湖沼生態系に与える影響の一端を明らかにすることができます。

　これまで阿寒湖、木崎湖、琵琶湖、池田湖、支笏湖サイトで調査を行ってきました。平成27年度は摩周湖で調査を実施しています。

　植物は生産者として湿原生態系の基盤を形成し、その変化は湿原に生息する数多くの生物に大きな影響 を及ぼします。そこで湿原調査では、サイト毎の植物群落の種構成を把握し、長期的な生物多様性の変化を捉えることを目的に、ライントランセクト調査（湿原に線を引き、その線上の決められた地点に生育する植物種を記録する調査を行っています。
　ライントランセクト調査では、湿原の典型的な植生タイプを横断するように調査ラインを配置し、調査ラインに沿って1 m × 1 mの永久方形枠を20～30個設置し、草本層とコケ層を対象として、方形枠ごとに全体の植被率、出現種ごとの被度、コドラート全体の植物の草高を目視で記録しています。また、出現種ごとのブラウン－ブランケの優占度と群度も記録しています。

　調査は各サイト３年に１回のサイクルで行っており、平成27年度は、上川浮島湿原、戦場ヶ原湿原、鯉ヶ窪湿原サイトで調査を実施しています。