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環境DNA調査

■目的

 「種の保存法」改正により特定第二種国内希少野生動植物種制度が新設されるなど、二次的自然に生息する種も含めた保全が重要となる中で、多くの絶滅危惧種等が分布する里地里山・湿地といった生息地の保全・再生を効率的かつ効果的に進めていく必要があります。                     
 環境省では、絶滅危惧種をはじめとした淡水魚類の全国的な分布情報の把握や希少種の保全、外来種対策などの生物多様性保全施策への活用、環境アセスメントにおける生物調査の迅速化及び効率化を目的に、調査手法が捕獲に限られていた淡水魚類について、環境DNA 分析技術の標準化(マニュアルの作成やリファレンスの整備)及び一般への普及(調査体制構築)、データの効果的・効率的な共有を進めています。                     
 本業務で得られた成果については本ページで公表していく予定です。

■「MiFish による種の識別に注意を要する淡水魚類リスト」について

(1)はじめに

 環境DNA分析技術の一つである「MiFish」による魚類調査の標準化及び一般への普及事業を進めています。しかし、この網羅的解析では、MiFish領域の塩基配列がDNAデータベースに登録された種のみが対象となること、また、解析で得られた塩基配列が複数の種と一致する場合や、種内の塩基配列の変異によって一致しない場合などに別の種に判定されることがあるなど、種によっては判定に注意を要します。                     
 そこで、現時点(2019年6月末)で公開されているDNA情報を整理し、MiFishによる識別に注意を要する淡水魚類リストを作成し、公表することにしました。ただし作成に当たっては、誰でも自由に登録可能な公共のデータベースの塩基配列を使用しているため、旧名で登録されている種や誤同定された種が含まれています。ですので、本リストに掲載されている種であっても識別ができる、もしくは、本リストに掲載されていなくても識別困難である可能性があります。そうした前提を踏まえた上で、MiFishによる魚類調査の実施の検討や調査実施後の解析結果の解釈の参考としてご利用ください。

(2)「MiFish による識別に注意を要する淡水魚類リスト」作成の条件

項目 条件
対象種 ・環境省レッドリスト2019掲載種
・Watanabe et al.(2017)の181種244系群全ての種
・生態系被害防止外来種リスト掲載種
・河川水辺の国勢調査の魚類リスト掲載種の一部。ただし、汽水域への依存度の低い分類群(上記3リストの掲載種が含まれない科)を除く。

計366種87系群
分類 環境省レッドリスト2019年版
その他の情報源(中坊2013「魚類検索」、中坊2018「日本魚類館」、中島2017「日本のドジョウ」)
学名の採用の優先順位 1) 環境省レッドリスト2019
2) Watanabe et al. (2017)
3) 河川水辺の国勢調査リスト、生態系被害防止外来種リスト、新種記載に関する情報源(魚類学会ウェブサイトなど)

DNAデータバンクに使用されるNCBIの生物名リストも参照する。
使用する配列 2019年6月時点でNCBIのGenBankに登録されているMiFish領域の配列全て。BLAST検索により得られる配列を全て用いた上で、樹形図で判断。登録されている種には、別名・旧名、(シノニム)、未同定種(属名+sp.)、交雑種や飼育品種、場合によっては誤同定が含まれている。

(3)「MiFish による種の識別に注意を要する淡水魚類リスト」について(公表資料一覧)

 資料1 MiFishによる種の識別に注意を要する淡水魚類の判定基準(PDF  )
 
 資料2 MiFishによる種の識別に注意を要する淡水魚類の判定結果の一覧(Excel  )
 
 資料3 MiFishによる種の識別に注意を要する淡水魚類の判定作業の手順と判定作業に用いた
  樹形図(PDF  )
 
 参考資料 リファレンス(MiFish配列)登録状況及び種特異的プライマー整備状況一覧(2019
  年6月時点)(Excel  )

                

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■業務実施体制

 絶滅危惧種分布重要地域抽出のための環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の標準化・一般化に関する検討会
                    
 検討委員(敬称略・五十音順)                     
  鬼倉 徳雄 九州大学大学院 農学研究院資源生物科学部門 准教授                     
  金尾 滋史 滋賀県立琵琶湖博物館 主任学芸員                     
  近藤 倫生 東北大学大学院 生命科学研究科 教授(座長)                     
  土居 秀幸 兵庫県立大学大学院 シミュレーション学研究科 准教授                     
  源 利文  神戸大学大学院 人間発達環境学研究科 准教授                     
  宮 正樹  千葉県立中央博物館 生態・環境研究部 部長                     
  渡辺 勝敏 京都大学大学院 理学研究科 准教授

                    
 事務局                     
  一般財団法人 九州環境管理協会、株式会社 地域環境計画(平成31年度)                     
  いであ株式会社(平成30年度)          

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