生物多様性への影響の評価
第一種使用に当たっては、申請者から遺伝子組換え生物が生物多様性に影響を及ぼすおそれについて評価した「生物多様性影響評価書」が提出され、これを学識経験者が審査します。（「第一種使用の申請から承認まで」参照）
具体的な評価の観点としては、例えば遺伝子組換え農作物の利用により影響を受ける可能性のある在来の野生動植物が国内に存在するかどうか、存在する場合、どのような影響がどのくらい出るか、など生物多様性への影響を総合的に評価します。
ツルマメ
日本在来の野生種との交雑
例えば、イネ、トウモロコシ、ナタネなどには、日本在来の野生種で交雑可能なものがありません。
これに対し、ダイズにはツルマメ、バラにはノイバラなど、日本に交雑可能な野生種が存在します。
このような種については、組み換えた遺伝子が在来の野生種の集団の中に広がらないかどうか、特に慎重に審査する必要があります。