第一種使用の申請から承認まで
●第一種使用については、それぞれの目的や使用の用途に応じて、例えば以下のように関係する省庁が環境省とともに担当しています。開放系での使用が生物の多様性に及ぼす影響を判断する必要があるため、環境省はすべての分野において主務官庁となっています。
なお、閉鎖系での使用（第二種使用）における担当官庁は、
| 施設内での農作物品種改良、 動物用生ワクチン開発など |
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ | 農林水産省 |
| 医薬品の製造工程での使用など | ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ | 厚生労働省 |
| 大学での遺伝子組換え実験での使用など | ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ | 文部科学省 |
| 工業用酵素の生産工程での使用など | ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ | 経済産業省 |
| 酒類をつくるための酵母の使用など | ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ | 国税庁 |
となっています。