自然環境保全基礎調査は、昭和48年度に第１回、昭和53、54年度に第２回と、すでに２度実施され、それぞれ多くの成果を得ることができた。しかし、我が国では前例のない試みであり、将来に残された課題も多い。
第３回の基礎調査も間近に迫っており、これをより円滑かつ効果的に推進していくため、過去２回の調査を振返り、問題点を明らかにし、今後の課題を整理した。
第１回の基礎調査における問題点と第２回調査へ向けての課題は、自然環境保全調査報告書(1976)に整理されているが、要約すれば次のとおりである。
現存植生図の作成に用いられた群集及び群集レベルの植物群落の凡例は362種類に達したが、その群落の名称については異論が多く、統一的な凡例の作成が今後の課題とされた。又最終的な植生図は縮尺20万分の１の精度を期待したため、原図の５万分の１の植生図では、必ずしも十分な精度は得られず、さらに都道府県によってもバラツキが大きかった。精度のバラツキは、原図に基づいて行う各種の集計にも影響を及ぼすので、精度の向上も重要な課題として残された。
植生自然度においては、人為の加わっていない原生林(自然度９)と或る程度人為が加わっている二次林的な天然性林(自然度８)との判別が不十分であり、また、水質汚濁の進んだ河川や干拓地に生えている水辺植生のヨシ・アシなどの群落を自然度１０と判定したことなどが問題点として指摘された。
課題としては、陸域の自然性を植生自然度だけで判定するのは不十分であるので、自然性の指標として土壌微生物から大型哺乳類まで、各種の動物群も対象とした総合的な自然度判定の手法開発や、将来の土地利用の基礎図として、現存植生図のほか、潜在自然植生図の作成などが挙げられた。
第１回調査では、水質等の理化学的性状及び水際線の物理的改変状況に主体をおいて調査し、水域に生育生息する生物調査まで実施することができなかった。陸域では植生を主体とした生物を総合指標として自然度を判定したように、水域においても今後は、陸水域及び海域の環境指標生物を研究し、生物調査に重点をおいて総合的な自然性の判定を行うことが必要とされた。
主として学術的な貴重性に着目して行ったこの調査は、各都道府県ごとに学識経験者によって貴重性の判定が下されたため、都道府県ごとに保護対象物の選定と評価に差があった。この差は地域特性の反映として重視すべき面もあるが、全国的視野でみると、不統一が目立ち、ややもすると調査そのものの信頼性を失わせることにもなりかねない。そこで学術的貴重性等の客観的、統一的判定方法の検討が必要でこのためには、まず、全国的地方的視野で貴重な自然物の標準的なリストを作成することが有効であると思われた。
環境寄与度調査は、自然環境が人間に対してもつ価値を評価することを目標としたもので、このためには自然環境を生態系の機序の把握を基盤に、風景としてみる立場や、経済的な資源あるいは財としてみる立場も合せて、総合的に評価していかなければならない。第１回調査では、特にデータの欠けている生態系へのアプローチとして、関東地方を対象とした植生現存量・生産量等の緑の量的な把握と、鳥類の生息種数の分布状況の把握が試みられたにすぎない。
総合的評価には、上述のとおり機能論・風景論・資源論的視点からのアプローチが必要であるが、生態系の機序を解明するには鳥類以外の野生生物や、さらに基盤となる地形・地質・土壌等の自然環境の現状と改変状況に関する総合的な知見も不可欠なものと考えられた。この他、自然環境のモニタリングシステムの確立や、リモートセンシング等の調査方法の導入も今後の課題とされた。
第１回調査では、都道府県に調査を委託し、各大学や研究機関の学識経験者を中心に調査を実施した。わが国の自然保護の調査研究体制からみれば、第２回調査も中央や地方の大学・研究機関の先生方を中心に進めざるを得ないと考えられた。しかし、将来的には、国及び都道府県に自然保護研究所や自然保護センタ-のような調査研究機関を設け、調査手法の開発や調査員の確保とその能力向上が課題とされた。
今後調査を定期的に実施することにより、自然環境についての膨大な情報が収集されるが、これらの環境情報を適切にまた能率よく整理し利用しやすくするため環境情報データーバンクとして資料の保管・利用システムの開発の重要が認識された。