第４回自然環境保全基礎調査（平成３年度分）
調査方法
１礁縁
住用村，大和村，宇検村，瀬戸内町のサンゴ礁が発達している沿岸部のほぼ全域と，与論町，十島村の一部についてマンタ法による目視調査を行った。
２礁池及び内側礁原
住用村，大和村，宇検村，瀬戸内町，与論町，十島村のサンゴ礁が発達している場所の浅海部について，航空写真から，サンゴの分布状況，その他海・草藻類等の分布状況，消滅域等について読みとりを行った。
このうち，写真から判断して被度の高いサンゴ群集が広く分布する地域，及び写真だけでは現況把握が不十分であると思われる地域，シロレイシガイなど食害生物の被害の報告されている地域等について，その代表的な地域を抽出し，現地調査を実施した。
・被度の高い地点の代表として
瀬戸内町実久，安脚場，与路島北，ハンミャ島，請島
与論町寺崎，計７地点
・写真だけでは現況把握が不十分であると思われる地点の代表として
瀬戸内町，与路港，与路島南
与論町皆田，大金久，供利計６地点
・食害生物の被害報告の地点の代表として
瀬戸内町実久，管鈍
与論町寺崎，計３点
３その他の海域
瀬戸内町の瀬戸内海峡等のサンゴ礁を形成しない場所についても，マンタ法および航空写真の読みとりによって，サンゴ群落の把握に努めた。その結果から被度の高いサンゴ群落が広く分布する地域について，その代表的な地域を抽出し，現地調査を実施した。
・被度の高い地点の代表として
瀬戸内町手安 １地点
とりまとめ上の特記事項
今回の調査では奄美海域はサンゴ礁海域として扱われているが，検討会では礁としての地形でないところについては，調査対象外として取り扱うことと申し合わせがなされたため，調査を行ってはいるが，報告中には現れていない。ただし，瀬戸内海峡などの内湾における高被度群落については，記載することとした。現地調査上のステーション番号については各島ごとに年度にとらわれず連続させることとした。
第４回自然環境保全基礎調査（平成３年度分）
調査結果の概要
１全般的なサンゴの分布状況
・礁縁部
付着基盤が存在するところでは，ほぼ全域で卓状のミドリイシ類，被覆状のコモンサンゴ類等を中心とした，造礁サンゴの分布がみられた。
部分的には卓状のミドリイシ類などのⅢ以上の被度を示す地域もあったが，全般的に被度はそれほど高くはなく，太平洋側ではⅠ～Ⅱ，東シナ海側では＋からⅠ程度の地点が多いようである。
岬の先端部や住用村等の沿岸では岩礁地帯となっており，サンゴ礁があまり発達していない場所が見られる。
・礁原
干出する礁原では礁縁部に近いところで，部分的にサンゴの分布がみられるところもあったが，平坦部ではキクメイシ類等の一部のサンゴを除いて，ほとんどサンゴはみとめられなかった。干出しないか，または干出する時間が非常に短い礁原では，礁縁部付近を中心に，ミドリイシ類，コモンサンゴ類等の被度の高いサンゴ群集がみられたところもあった。
・礁池
の礁池を形成するところでは，枝状ミドリイシ類，ハマサンゴ類，葉状・枝状のコモンサンゴ類等を中心に，高い被度でサンゴ分布が見られる場所も各所で認められた。礁原上の小型の礁池では，ハマサンゴ類，シコロサンゴ類等のコロニーが散見される程度で被度的にはそれほど高いものではなかった。
・その他（非サンゴ礁海域）
瀬戸内海峡等の内湾型地形を有する非サンゴ礁海域では，生息範囲は限られているものの，被度が高く，様々な種が多く見られるバリエーションに富んだ群集や，ミドリイシ類やコモンサンゴ類等の枝状の単一群集，ハマサンゴの群集など，内湾型のサンゴの分布が，各所で見られた。
２大型底生動物（食害動物）の生息状況
全般的にサンゴを食害するような大型の底生生物の分布は多いものではなかった。オニヒトデについては瀬戸内町の管鈍等で確認できたのみであった。与論島のリーフ内などを中心に，各地で死サンゴやレキ底が見られており，過去に食害のあったことがうかがわれる。テルピオス海綿については与論島の寺崎の枝サンゴ群落で確認された。レイシガイダマシについては，各地でシロレイシガイダマシの存在および食害が確認された。食害の状況として顕著である場所は瀬戸内町の管鈍と限定的ではあるが，聞き取り等によれば増加傾向の伺える場所もあった。
３改変状況
港湾，漁港などの整備により各地で浚渫，築堤等の改変行為が行われているものの，規模的には小規模であり，その影響範囲も限定的であった。
４各島の状況
・小宝島・小島
全般的にサンゴ礁が発達しており，離水礁原も見られる。海中部では裾礁型のサンゴ礁地形が見られる。サンゴは各所で健全に生育しているが，北限に近いことと外洋型の礁形態であるため，礁脚部でのサンゴの発達は大規模なものではない。
・奄美大島（南部）
地形の複雑さを反映して，さまざまなタイプのサンゴが各所に分布している。また礁池等を中心に枝状，葉状等の礁池型のサンゴも健全に生育しており，国内でも貴重な存在となっている所も見られる。礁縁部については離島を中心に被度が高く，大型のコロニーの存在する所がみられたが，大島本島においては一部をのぞいて全般的にコロニーは小型のものが多く被度の高いところは認められなかった。しかし付着基盤の存在する所では，サンゴの全く無い場所も認められなかった。
・与論島
奄美群島内では最大の礁池を有している。礁内でのサンゴ群集は赤崎地先のミドリイシーコモンサンゴーハマサンゴ群集をのぞいて大規模なものは確認できなかった。海中公園区等で多数のレキが確認でき，かつての枝状ミドリイシ群落の存在を示唆している。礁池，礁緑共に全般的にみると頻度の高い場所はあまり存在せずコロニーも小型のものが多かった。