自然環境保全基礎調査は、全国的な観点からわが国における自然環境の現況及び改変状況を把握し、自然環境保全の施策を推進するための基礎資料を整備するために、環境庁が昭和48年度より自然環境保全法第４条の規定に基づき概ね５年毎に実施している調査である。

  国はおおむね５年ごとに地形、地質、植生及び野性動物に関する調査、その他自然環境保全のために講ずべき施策の策定に必要な基礎調査を行うよう努めるものとする。

　一般に、「緑の国勢調査」と呼ばれ、陸域、陸水域、海域等の各々の領域について調査項目を分類し国土全体の状況を調査している。

　調査結果は報告書及び地図等にとりまとめられたうえ公表されており、これらの報告書等は、自然環境の基礎資料として、自然公園等の指定・計画をはじめとする自然保護行政の他、環境アセスメント等の各方面において活用されている。

　第１回基礎調査は昭和48年度に実施され、その結果は49・50年度の２ケ年にわたり公表された。

　それまで、基礎的な自然保護のための調査は全国レベルでは実施されていなかったなかで、第１回の基礎調査を実施するにあたりまず考えられた目的は、科学的な視点に立った調査を実施することによって国土にある自然の現況をできるだけ正確に総合的に把握し、守るべき自然、復元・育成・整備すべき自然は何かということを明らかにし、全国的な観点に立った自然保護行政を推進するための基礎資料を整備することであった。

　第１回基礎調査は全国的なレベルの自然環境保全のための基礎的な調査としてははじめてのものであり、さらに急激な国土の改変がすすむなかで、保護施策を講ずるべき貴重な自然がどこにあるのかを早急に明らかにする必要に迫られていたことから、対象を限定した調査が中心となった。

　これに対し、第２回基礎調査では基礎的な情報の収集を５年おきに繰り返し実施するというこの調査の性格をより明確にし、自然環境に関する網羅的、かつ客観的な基礎的情報の収集に主眼をおいて調査を計画、実施した。ただし、短期間に全国土とその周辺海域にわたって多様な生物環境や地形・地質的環境のすべてを調査・記録し、それらを集計・解析して、わが国の自然環境の実態を把握することは困難である。このため、行政上の必要性と調査の実行可能性とを考慮して以下の５点に目標を絞り、合計14項目の調査を昭和53・54年度の２ケ年で実施した。その後、55〜57年度にデータの点検及び集計解析を行い公表した。

　第３回基礎調査では、第２回基礎調査の内容を基本的には踏襲し、自然環境に関する客観的、網羅的な情報収集を調査対象を拡大して続けるとともに、第２回基礎調査以後の変化の状況を把握することを目的に昭和58〜62年度に実施し、昭和６３年度に総合とりまとめを行った。第２回と異なる点は動物の分布調査の対象を主要分類群の全種に拡大したこと（動植物分布調査（全種調査））、一般国民のボランティア参加による調査を導入し居住地周辺部の身近な自然の現状についての調査を行ったこと（動植物分布調査（環境指標種調査））、景観の骨格を成す地形に着目した自然景観についての調査を行ったこと（自然景観資源調査）等である。　　　

　 続いて昭和63年度より開始した第４回基礎調査においても基本的には第３回基礎調査と同様に客観的、網羅的な情報の収集及び前回調査以後の変化状況の把握を目的として実施している。第４回基礎調査でこれまでと内容を異にしているのは巨樹・巨木林の分布等の調査を実施したこと（巨樹・巨木林調査）、河川調査の対象河川を変更したこと、生態系の系全体の動態をモニタリングし自然現象あるいは人的影響を捉えるための調査（生態系総合モニタリング調査）を開始したことなどである。第４回基礎調査は平成４年度までに調査を終了、５・６年度にとりまとめを行う予定となっている。

　なお、第５回基礎調査は、平成５年度より開始し、植物分布調査、湿地調査、海辺調査を追加して実施する。さらに平成６年度より生物多様性調査を新たに開始する予定である。

　干潟・藻場・サンゴ礁は、沿岸の浅海域に広く分布する重要な生物の生息地である。干潟とは一般に干潮時に干出する平坦な砂泥質堆積域をいうが、魚貝類等の小動物からシギやチドリ類など渡り烏の生息地として重要である。また、水質の浄化作用も忘れることのできない機能である。

　藻場は固い岩礁底に分布するホンダワラ類やアラメ、カジメ等の群落と砂泥底に分布する顕花植物群落に大別されるが、いずれも一次生産の場として重要であるばかりでなく、多くの動物のすみかとしても機能している。

　サンゴ礁は本調査では主に造礁サンゴ群集の分布把握を意図している。造礁サンゴ類の分布は北は太平洋岸では千葉県、日本海岸では新潟県までが知られているが、サンゴ礁が形成されているのは吐■喇列島までとされている。サンゴ群集は藻場と同様に他の小動物のすみかとなっている。また、サンゴ礁は極めて多様な生物群集がみられることで知られており、重要な生息地である。

　本調査はこのような貴重な存在である干潟、藻場、サンゴ礁について、分布状況や消滅状況を把握する目的で実施された。

　なお、調査手法は自然環境保全基礎調査検討会の海域生物環境分科会で検討された。

　日本沿岸全域の干潟の存在する海域（39都道府県）を対象とし、平成元年度から３ケ年にわたり実施された。

　現存する干潟については、分布域の位置、範囲、面積、タイプ及び底質についての調査をした（干潟分布調査）。また、第２回調査地区と今回調査地区との比較対照を行い、消滅干潟については消滅域の位置、範囲、面積及び消滅時期についても記録を取った（干潟改変状況調査）。さらに各県の現存干潟から代表的な干潟を選定し、底生生物を中心とした現地調査を行い、その特徴を把握した（干潟生物調査）。

　調査は各都道府県に委託し、既存の調査報告書、その他最新の資料による資料調査及びヒアリング調査を実施し、必要に応じて現地確認調査を行い、資料情報の重複を整理するとともに精度を高めた。

*

　干潟分布調査（現存干潟）

１

　高潮線と低潮線に挟まれた干出域の最大幅が100m以上であること。

２

　大潮時の連続した干出域の面積が１ha以上であること。

３

　移動しやすい底質（砂、礫、砂泥、泥）であること。

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　干潟改変状況調査（消滅干潟）

　昭和53年以降、埋立、浚渫その他の改変により消滅した干潟で、次の全ての要件に合致するもの。

１

　昭和53年において存在した干潟であること。なお、前回調査に記載されている干潟であっても、上記の定義に該当しないものは存在したものとはみなさない。

２

　消滅面積が１ha以上であること。埋立等の事業区域が１ha以上あっても、干潟そのものの改変が１haに満たないものは消滅域には含めない。

　現存する藻場については分布域の位置及び範囲、面積、タイプを、また、消滅藻場については消滅域の位置及び範囲、面積について調査をした。

　調査は各都道府県に委託し、既存の調査報告書その他最新の資料による資料調査及びヒアリング調査を実施し、また必要に応じて現地確認調査を行い、資料情報の重複を整理するとともに精度を高めた。

　なお、今回の調査では資料情報の充実による新たな分布の把握、面積測定精度の向上等の影響が大きいことが予測されたため、前回調査結果と増加面積の比較については当初から調査項目に含めていない。

　なお、調査対象藻場は次の通りである。

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　昭和53年度以降消滅したと判断される藻場で、次の全ての要件に合致するもの。

　なお、埋立、浚渫などの人工改変だけでなく、海況変化その他の要因による消滅域も含むものとするが、季節変動による一時的な消滅域は除くこと。

　調査はサンゴ礁海域（吐■喇列島小宝島以南）と非サンゴ礁海域（吐■喇列島悪石島以北）に分けて行われ、サンゴ礁海域では礁池はカラー空中写真の判読、礁縁は曳航観察（マンタ法）により、非サンゴ礁海域ではマンタ法及び調査区を設定し、造礁サンゴ群集の属レベルの生育型別被度、位置、面積を調査した。なお、東京都の小笠原諸島はサンゴ礁海域に属するが調査手法の便宜上本調査では非サンゴ礁海域として取り扱った。

　また、非サンゴ礁海域では被度５%以上で面積0.1ha以上の群集を調査対象とした。