| 絶滅種（Ex） |
クニマス | Oncorhynchus kawamurae |
| ミナミトミヨ | Pungitius kaibarae |
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| 絶滅危惧種（E） |
キリクチ | Salvelinus japonicus |
| サツキマス | Oncorhynchus ishikawai |
| イワメ | Oncorhynchus iwame |
| リュウキュウアユ | Plecoglossus altivelis ryukyuensis |
| アリアケシラウオ | Salanx ariakensis |
| アリアケヒメシラウオ | Neosalanx regani |
| ヒナモロコ | Aphyocypris chinensis |
| ウシモツゴ | Pseudorasbora pumila subsp. |
| イタセンパラ | Acheilognathus longipinnis |
| ニッポンバラタナゴ | Rhodeus ocellatus smithii |
| スイゲンゼニタナゴ | Rhodeus atremius suigensis |
| ミヤコタナゴ | Tanakia tanago |
| アユモドキ | Leptobotia curta |
| ネコギギ | Coreobagrus ichikawai |
| 九州産ギバチ | Pseudobagrus sp. |
| ムサシトミヨ | Pungitius sp. |
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| 危急種（V） |
イトウ | Hucho perryi |
| ゴギ | Salvelinus imbrius |
| ウケクチウグイ | Tribolodon sp. |
| ハリヨ | Gasterosteus aculeatus microcephalus |
| ムツゴロウ | Boleophthalmus pectinirostris |
| ヤマノカミ | Trachidermus fasciatus |
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| 希少種（R） |
ユウフツヤツメ | Lampetra tridentata |
| シベリアヤツメ | Lampetra kessleri |
| エツ | Coilia nasus |
| ミヤベイワナ | Salvelinus miyabei |
| オショロコマ | Salvelinus malma |
| ビワマス | Oncorhynchus rhodurus |
| シナイモツゴ | Pseudorasbora pumila pumila |
| ゼニタナゴ | Acheilognathus typus |
| エゾトミヨ | Pungitius tymensis |
| タイワンキンギョ | Macropodus opercularis |
| オヤニラミ | Coreoperca kawamebari |
| アカメ | Lates japonicus |
| タナゴモドキ | Hypseleotris cyprinoides |
| シンジコハゼ | Chaenogobius sp. |
| イドミミズハゼ | Luciogobius pallidus |
| ドウクツミミズハゼ | Luciogobius albus |
| ツバサハゼ | Rhyacichthys aspro |
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| 地域個体群（Lp） |
佐賀県六角川のエツ個体群 | Coilia nasus |
| 静岡県のカワバタモロコ個体群 | Hemigrammocypris rasborella |
| 九州のアカザ個体群 | Liobagrus reini |
| 沖縄のメダカ個体群 | Oryzias latipes |
| 沖縄のタウナギ個体群 | Monopterus albus |
| 福島県会津のイトヨ個体群 | Gasterosteus aculeatus |
| 福井県大野盆地のイトヨ個体群 | Gasterosteus aculeatus |
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