| ランク | 分類群 | 和名 | 学名 |
|---|---|---|---|
| 絶滅危惧IA類(CR) | 両生類・爬虫類 | アベサンショウウオ | Hynobius abei |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | ホクリクサンショウウオ | Hynobius takedai |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | ハクバサンショウウオ | Hynobius hidamontanus |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | イシカワガエル | Rana ishikawae |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | コガタハナサキガエル | Rana utsunomiyaorum |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | オオイタサンショウウオ | Hynobius dunni |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | オキサンショウウオ | Hynobius okiensis |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | イボイモリ | Tylototriton andersoni |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ダルマガエル | Rana porosa brevipoda |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ハナサキガエル | Rana narina |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | アマミハナサキガエル | Rana amamiensis |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ナミエガエル | Rana namiyei |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | オットンガエル | Babina subaspera |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ホルストガエル | Babina holsti |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | ベッコウサンショウウオ | Hynobius stejnegeri |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | キタサンショウウオ | Salamandrella keyserlingii |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | オオサンショウウオ | Andrias japonicus |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | シリケンイモリ | Cynops ensicauda |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | オオハナサキガエル | Rana supranarina |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 京都・大阪地域のカスミサンショウウオ | Hynobius nebulosus nebulosus |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 東京都のトウキョウサンショウウオ | Hynobius nebulosus tokyoensis |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 愛知県のトウキョウサンショウウオ | Hynobius nebulosus tokyoensis |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 本州・九州地域のオオダイガハラサンショウウオ | Hynobius boulengeri |
| 絶滅危惧IA類(CR) | 両生類・爬虫類 | イヘヤトカゲモドキ | Goniurosaurus kuroiwae toyamai |
| 絶滅危惧IA類(CR) | 両生類・爬虫類 | キクザトサワヘビ | Opisthotropis kikuzatoi |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | タイマイ | Eretmochelys imbricata |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | マダラトカゲモドキ | Goniurosaurus kuroiwae orientalis |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | オビトカゲモドキ | Goniurosaurus kuroiwae splendens |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | ヤマシナトカゲモドキ | Goniurosaurus kuroiwae yamashinae |
| 絶滅危惧IB類(EN) | 両生類・爬虫類 | ヒメヘビ | Calamaria pfefferi |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | アオウミガメ | Chelonia mydas |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | アカウミガメ | Caretta caretta |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | セマルハコガメ | Cuora flavomarginata evelynae |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | リュウキュウヤマガメ | Geoemyda japonica |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | クロイワトカゲモドキ | Goniurosaurus kuroiwae kuroiwae |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | キノボリトカゲ | Japalura polygonata polygonata |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | バーバートカゲ | Eumeces barbouri |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ミヤコトカゲ | Emoia atrocostata atrocostata |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ミヤコヒバァ | Amphiesma concelarum |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ヨナグニシュウダ | Elaphe carinata yonaguniensis |
| 絶滅危惧II類(VU) | 両生類・爬虫類 | ミヤラヒメヘビ | Calamaria pavimentata miyarai |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | キシノウエトカゲ | Eumeces kishinouyei |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | イワサキセダカヘビ | Pareas iwasakii |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | アマミタカチホヘビ | Achalinus werneri |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | ヤエヤマタカチホヘビ | Achalinus formosanus chigirai |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | サキシマアオヘビ | Cyclophiops herminae |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | サキシマバイカダ | Lycodon ruhstrati multifasciatus |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | イワサキワモンベニヘビ | Hemibungarus macclellandi iwasakii |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | ヒャン | Hemibungarus japonicus japonicus |
| 準絶滅危惧(NT) | 両生類・爬虫類 | ハイ | Hemibungarus japonicus boettgeri |
| 情報不足(DD) | 両生類・爬虫類 | スッポン | Trionyx sinensis |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 悪石島以北のトカラ諸島のニホントカゲ | Eumeces latiscutatus |
| 地域個体群(LP) | 両生類・爬虫類 | 三宅島、八丈島、青ケ島のオカダトカゲ | Eumeces okadae |