奄美大島と徳之島にのみ分布する固有亜種。奄美大島では1960年代までは広範囲で認められたが、1980年以降は島の中央部に限定されてきた。一方、徳之島では分布は北部と中央部に限定されている。奄美大島における本亜種の減少の一要因として、1950年代後半からの山地開発による大規模な皆伐が行われたことによる生息場所の減少が考えられる。さらに、ジャワマングース（Herpestes javanicus）やノイヌ、ノネコによる捕食も減少要因としてあげられよう。

背中は黒とオレンジ色を帯びた黄褐色、腹面は灰色がかった白色のネズミである。毛には３種類あり、先端は褐色が強いやわらかい上毛、先端は黒褐色で鋭く尖がり偏平でうすい黄褐色か灰色の針状毛（長さ約20mm・幅約１mm、口吻部と四肢を除く）、および先端は黒褐色で基部は黄褐色の差し毛（長さ30mmで背面のみ）が見られる。沖縄島産より体色の赤みが弱い。頭胴長89〜160mm、尾長61〜135mm、後足長24.5〜34mm，頭蓋基底全長31.2〜35.6mmであり沖縄島産よりやや小型である。

奄美大島と徳之島に分布。

普通は夜間に活動する。生息密度、寿命、社会構造は不明。繁殖期は10〜12月で１産仔数は１〜７である。食性は雑食性でイタジイの種子や昆虫を食べるが、山間の畑でサツマイモなどを食べることもある。常緑広葉樹（イタジイ）の自然林と二次林に生息し、その樹洞や根株にかくれる。ハブの攻撃を60cmを超えるジャンプによってさける行動を示し、またハブ毒に対する抵抗性が強い。染色体数は奄美大島産では2n＝25で性染色体はオスではＹ染色体が見られず，メスでは１本のＸ染色体を欠くXO型である。徳之島産では2n＝45で性染色体は同じくXO型である。

奄美大島での観察例は中央部以西に集中し、徳之島では中央部から北部の天城岳、および井之川岳の２地域に集中する。

分布情報：２次メッシュ数：４、３次メッシュ数：５（第４回自然環境保全基礎調査）

不明。

広葉樹の自然林と二次林に生息する。

生存を脅かしている原因として森林破壊（11）と捕食者の侵入（52）があげられる。奄美大島では1960年代までは広範囲で認められたが、1980年以降は島の中央部に限定されてきた。一方、徳之島では北部と中央部に限定される。奄美大島における本亜種の分布の減少の一要因として、1950年代後半から山地開発が行われ大規模な皆伐が行われたことがあげられよう。さらに、ジャワマングースやノイヌ、ノネコによる捕食も要因として考えられる。すなわち、奄美大島ではマングースは1979年頃にハブやネズミ対策として移入されたが、1990年代には分布が拡大し常緑広葉樹林に進出している。この動物は地上、地中、穴居生活の動物を探索し捕食するので、本亜種の生存にとって脅威となる。

染色体の研究や分子遺伝学的研究（mtDNAとrRNA）から、奄美大島と徳之島のトゲネズミは種分化していると考えられているが、形態学的な研究はまだない。この近縁種がスラウェシ島のネズミとされているが分類学的な検討は不十分であり，今後の学術的研究が必要である。

1972年に国の天然記念物に指定されている。